瓶颈：资金与认识的不足
据赛迪顾问调查显示，制约医院进行信息化发展的瓶颈基本上表现在两个方面：资金缺乏和对信息化认识不够。其中的主要原因是资金的短缺。举例说，要建设一套规范的医院管理系统，保守估计所需的资金投入约为200万人民币，而建设一套医疗信息系统的耗资至少是2000万元，这使得资金问题成为我国医院信息化建设的突出问题。
认识不足则体现在对信息化的无知和误解方面。目前，许多医院还对信息化缺乏深入认识，不少医院甚至错误认为，实施信息化就是买一些IT硬件设备，或者就是一些IT硬件设备的简单拼凑。这种盲目或误解，极大阻碍了信息化在医院的推广。
一个很明显的误解就是，有的医院以为信息化必须以收费为中心，这种认识无助于信息化水平的提升。实际上，医疗信息化必须遵循“以人为本”的原则，一切围绕病人，以病人为中心。如数字挂号、电子病历等信息化手段，必须围绕病人的看病流程设定，帮助病人更方便地接受咨询和治疗。
值得一提的是，一个医院信息化水平的程度，尤其取决于领导班子的信息化意识的程度。以天坛医院为例，其信息化相对成功的原因首先得益于领导的重视。而很多不实施信息化或者实施失败的医院，也往往是因为“一把手”的意识造成的。
据卫生部信息中心主任高燕婕透露，根据我国卫生信息化目标，2010年我国80%%的医院将实施医院管理系统。今后，卫生部将出台若干文件以进一步规范、引导医院信息化。其中，提高各级领导人的信息化意识和水平是一项重要内容。
根源：驱动力量的错位
与发达国家相比，我国医院信息化水平依然比较落后，远未达到信息化的理想状态。人民医院信息中心主任何雨生认为，这主要是因为驱动力量的“错位”而导致的。
他认为，目前我国医院信息化主要依靠两个驱动力量的引导，一是命令的驱动，在政府统一要求下，各级医院为了达标而竞相实施信息化；另一则是技术驱动，IT公司通过各种手段，使IT技术、产品逐渐向医院推销、渗透。总得说来，这两个驱动力量都不太成功，因为它们都不是医院信息化的根本驱动力量。
什么才是医院信息化的根本驱动力量？何雨生提供的答案很简单，那就是医院自身的内在需求。有的医院缺乏强有力的内在需求，从而在信息化道路上“晚点”；有的医院虽然存在较强的信息化需求，却因领导班子的淡漠而被忽略。
比如说，目前我国众多医院的远程医疗系统发展迟缓，这与医院自身需求不足息息相关。协和医院信息中心主任李包罗教授向记者分析了其中的尴尬现象：条件好的医院不需要远程医疗，因为他们的医生连自己医院的病人都忙不过来，更别说去为边远山区病人看病；而条件差的医院，又没有条件实施远程医疗。换言之，有实力的医院没有需求，而有需求的医院却没能力。再如电子病历在我国还未取得合法的法律地位。
李包罗教授建议，要增强医院的信息化需求，就必须将医院引入更全面的竞争机制，使他们急于提升核心竞争力。而这些，需要依靠政府有关部门的大力推动，从而建立一套完整的机制。
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