当前，电子政务正步入深水区。与以往电子政务的发展阶段存在着重大区别的是，现在的电子政务发展都越来越牵涉机制和体制。也就是说，现在电子政务发展的推动力已经主要不是靠技术，而是行政管理体制的改革。一方面，行政管理体制的改革需要电子政务来做支撑，另一方面，电子政务的发展也需要改革来推动。当前，电子政务的潜力和动力还有非常大的空间可以发挥，电子政务在行政领域的作用和重要性还需要进一步增强。
电子政务发展中暴露的一些问题，制约了其巨大潜力的释放，应该引起电子政务利益相关者的高度重视。
一是电子政务的管理机制、组织化和投资机制问题。电子政务的推进需要人、财、物，更需要有一个架构良好、权责分明、上下互动的组织机制来做保障。总的看来，目前各级政府和各个部门基本上建立了电子政务推进机制和机构，并初步建立了一系列的管理机制，但是就目前的组织名称来看，比较混乱，各个机构的定位、职能、规模等方面差异还非常大。许多地方和部门的电子政务组织在人、财、物等供给方面还比较缺乏。与组织化密切相关的问题，就是电子政务的投资机制，普遍存在多头投资、重复投资和投资不足并存的现象。来自电子政务的投资有政府专项资金、科技资金和其他来源的资金，既有一级财政的统一拨付的资金，也有各个部门的自筹资金，在投资方面，经常存在“建设资金偏多，维护资金少，甚至没有”、“硬件资金多、软件资金少、服务资金少甚至无”等现象；要切实理顺投资机制，保障运维机制和电子政务项目的可持续发展。同时在投资分配上，要高度重视对服务的投入，如今电子政务项目好坏，很大程度已经不取决于软硬件投入的多寡，而在于如何购买关键的服务来改进自己的规划、管理和运行的服务不足了。
二是电子政务的绩效评估问题。目前中国各级政府和各个部门都对电子政务建设进行或多或少的投资。据有关研究机构的统计，每年的投资额高达数百亿。但是这些项目的建设成果如何，存在哪些问题，以及如何改进等等并没有清晰的答案，重要原因之一就是还未建立科学、规范和实用的电子政务绩效评估体系。一个科学的体系不仅能够指出整个电子政务工作流程的工作重心和关键环节，使资金使用倾向性更加明显，重点更加突出，而且更能为后续的改进和完善工作提供指导和依据。有了完善的评估体系，才能真正确保服务理念的落地实施。因此说，加强对电子政务的绩效评估已经刻不容缓，需要我们从理论、模型、工具等方面进行研究。加强对电子政务的绩效评估，不只是来发现电子政务项目的运行好坏，而且是从好坏的评价结果中提出针对性的改进意见，以进一步提高电子政务的绩效，换句话说，绩效评估不仅是结果的显示，也是电子政务战略实施的巡航系统、系统控制的仪表器、电子政务运维的指示器。
三是电子政务能力建设。电子政务建设不仅是系统的建设，而且是与系统应用相关的各种要素的有效配合。能力建设，特别是公务员应用电子政务的意识、技能和态度等的培养，关系着政务服务的质量和效率、更关乎着电子政务的成败。运用一个浅显的比喻，各种电子政务系统好比是“车”，而应用电子政务的公务员好比是“司机”，理想的模式是一个好司机驾驭一辆好车及时、准确、快捷地提供各种配送服务，司机的能力好坏在很大程度决定了这个运输系统的绩效。而且要保障运输安全和高效，主要是取决于司机的意识和水平。但目前总的来看，公务员的电子政务能力，特别是各级领导主动应用电子政务的意识与技能还有待提高，而各级各部门领导人应用电子政务的能力，在很大程度上影响整个公务员队伍的电子政务能力和态度。有报道说，我国中央领导经常通过网络来了解公众的意见，这是非常可喜的现象，但仍有不少地方和部门的主要负责人还很少使用网络进行业务处理，广大的政务工作者也有待通过培训来提高其应用和服务的水平。
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