快速核放系统和无纸化报检的实施大大简化了检验检疫机构的工作流程，给出口企业带来了极大的便利，有效提高了出口货物的通关速度，并在防止库存积压、降低企业出口成本、提高企业在国际市场的竞争力及促进地方经济发展等方面起到了非常积极的作用。但是，因为检验检疫资源相对缺乏、检验检疫模式有待完善等，所以在监管过程中，快速核放和无纸化报检还存在一些问题，应予以重视和研究。
检验监管上存在的问题
1.对企业的外发加工批产品缺乏相应的监管机制
快速核放和无纸化报检的实施，给企业的发展带来了新的机遇，无论是在简化办证手续，还是在降低办证成本等方面，都体现了极大的优势，进一步增强了企业的市场竞争力。然而随着企业业务的发展，很多企业将一些外发加工批产品也作为快速核放或无纸化报检批进行申报。由于产品快速核放和无纸化报检对企业的外发加工批缺乏相应的监管机制，所以这些产品也享受了非外发加工批产品的通关待遇，而一旦这些外发加工批产品存在质量隐患，检验检疫机构也无法及时发现，监管的有效性大大降低。
2.快速核放对企业的新增出口产品缺乏协调机制和管理力度
检验检疫机构对快速核放和无纸化报检企业的申报及审批制度非常严格。符合条件的企业提出申请后，先由施检部门负责初审和推荐，经检验检疫局业务例会讨论通过后，再由施检部门制定监管放行指令，经分管局长批准后，再由检务部门执行。但对于企业在快速核放和无纸化报检过程中新增加的出口产品（即新增HS编码产品）的管理，还缺乏相应的协调机制——根据相关规定，新增HS编码产品在首次报检时，必须经过批批检后才能放行，待条件成熟后，再由企业提出将新增HS编码产品纳入快速核放系统的申请，接到申请后，施检部门会制定相关的监管放行指令，并告知检务部门将其增列入该企业的快速核放产品目录。至此，该产品再次报检时，方可纳入快速核放系统。但这一做法在实行操作中，由于企业方、施检部门及检务部门的沟通存在问题，所以有的新增HS编码产品经过多次批批检后，仍不能进入快速核放，而有的新增HS编码产品却在首次报检时，便被纳入了快速核放系统。
检务监管上存在的问题
1.无纸化报检在企业档案管理工作中存在漏洞
现在，经批准实行无纸化报检的企业，在办理报检签证时不再需要提供报检批的物理资料，企业凭电子报检号便可办理报检签证手续，而且企业还可以自行完成无纸化报检的包装性能核销单和无纸化报检档案管理。虽然检务部门针对实行无纸化报检的企业会进行定期或不定期的报检资料抽查，但由于企业存在人员流动等因素，所以使企业无纸化报检批的包装性能核销单及无纸化报检档案管理工作经常出现滞后和不受控等情况，严重影响了企业正常的快速核放及无纸化报检档案管理工作。
2.形成了大量电子数据冗余
快速核放报检批一经电子审单受理，便可自动进入快速核放系统，并自动补齐施检接单、分单、结果登记、拟稿、审核、检务收单、复审等7个流程，其待处理节点为检务证单缮制环节。而当企业出现误报、多报等情况后，就会形成报检批的电子数据冗余，而且此时单证已处于检验完结状态，在对其进行撤销处理时，还会出现新的问题：根据签证及计收费相关规定，对于撤销的未完成检验的报检批，不收取检验费；而对于撤销的已完成检验却未出证的报检批，则收取全额检验费。但由于有关部门一直没有针对实行快速核放和无纸化报检的企业，在撤销误报、多报批方面出台相关管理规定，因此对于未出证的快速核放批，是否属于检验完结的界定也不明确，而这则导致实行快速核放和无纸化报检的企业无法进行误报、多报批的撤销操作，形成大量电子数据的冗余。
3.快速核放更改批操作繁琐
对于快速核放批的更改，无论是出证前的信息变更还是出证后的信息变更，都需要以报检的工作过程调用更改报检的信息后，再按照一般报检模式重走流程，手动完成施检接单、分单、结果登记、拟稿、审核、检务收单、复审等流程后才能出证。由于原快速核放批经更改后，不能再次进入快速核放系统，因此快速核放更改批的证稿拟稿也就不能调用到快速核放系统的标准证稿，最终造成由电子转单转出的数据信息也无法显示出该批货物是快速核放批。因此，快速核放更改批必须根据各口岸局的要求完成证稿拟稿，才能重新进入快速核放系统。这样一来，放行速度大大降低，无法体现快速核放的优越性。
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